สำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดตั้งเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2555 ในฐานะที่เป็นมหาวิทยาลัยที่จัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งความจงรักภักดีของปวงชนชาวไทยที่มีต่อสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี เพื่อสืบสานพระราชปณิธาน ในการ “ปลูกป่า สร้างคน” ดังนั้น เพื่อสืบสานพระราชปณิธานของพระองค์ “พระมารดาแห่งการทันตแพทย์ไทย” ในการพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชนที่ด้อยโอกาสที่อยู่ในพื้นที่ห่างไกล และเพื่อสนองพระราชปณิธาน “ให้ปวงประชามีฟันดี”

มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้มีโครงการจัดตั้งสำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยมีวัตถุประสงค์แต่แรกเริ่มเพื่อผลิตทันตแพทย์แนวใหม่ โดยการจัดการเรียนการสอนตามแนวคิดการดูแลสุขภาพแบบองค์รวม (Holistic Care) รวมถึง การประสานการจัดการเรียนการสอน และการวิจัยโดยประสานเป็นเครือข่ายระหว่างฝ่ายผลิตและฝ่ายใช้ ตลอดจนภาคเอกชน และมีระบบการศึกษาและการเรียนรู้โดยสอนในลักษณะสองภาษา (Bilingual) แผนอนาคตจัดตั้งคลินิกต้นแบบหรือศูนย์ทางวิชาการที่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะทาง และมีเครือข่ายความร่วมมือกับประเทศในกลุ่มอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง ที่จะสามารถตอบสนองความต้องการของชุมชน พร้อมรองรับการเปิดให้บริการสุขภาพของประชาชนในกลุ่มประเทศอาเซียนในอนาคต ด้วยมาตรฐานการผลิตทันตแพทย์ในระดับสากล โดยจะผลิตทันตแพทย์ท่มีจิตใจรักชุมชน เป็นผู้มีจิตสาธารณะ และสามารถใช้ชีวิตอยู่ในภูมิลำเนาของตนเองได้อย่างยั่งยืน

ตั้งแต่ปลายปี 2560 ทางสำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้เปิด “คลินิกทันตกรรม สำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง” ซึ่งในปัจจุบันคลินิกทันตกรรมได้ย้ายที่ทำการแห่งใหม่มายัง อาคารสำนักวิชาทันตแพทยศาสตร์ ศูนย์การแพทย์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เพื่อรองรับการเรียนการสอนทั้งภาคทฤษฎี ภาคปฏิบัติ และภาคปฏิบัติการคลินิกทันตกรรม ซึ่งคลินิกแห่งนี้เป็นทั้งสถานฝึกอบรม วิจัย และปฏิบัติงานของทันตแพทย์ นักศึกษาทันตแพทย์ นักเรียนผู้ช่วยทันตแพทย์ รวมทั้งบุคลากรด้านทันตสาธารณสุข  นอกจากนี้คลินิกทันตกรรมยังเปิดให้บริการแบบครบวงจรสำหรับบุคคลทั่วไป ทั้งการให้คำปรึกษา ส่งเสริม ป้องกัน บำบัดรักษา และฟื้นฟูเกี่ยวกับปัญหาทางด้านสุขภาพช่องปาก โดยมีนักศึกษาทันตแพทย์ ทำการตรวจรักษา ภายใต้การดูแลอย่างใกล้ชิดของอาจารย์ทันตแพทย์ โดยมีแนวคิดใหม่คือ ดูแลผู้ป่วยด้วยหัวใจ ให้การรักษาแบบองค์รวม ด้วยค่าบริการแบบเป็นมิตร[2]